Jono Pauliaus II gimnazija –šiuolaikiška, nuolat besimokanti bendruomenė , puoselėjanti krikščioniškąsias vertybes, demokratiška, atvira kaitai, inovatyvi, siekianti aukštos ugdymo/si kokybės.
Gimnazijos paskirtis – teikti kokybišką pradinį, pagrindinį ir vidurinį išsilavinimą įvairių gebėjimų ir poreikių mokiniams, puoselėti katalikiškomis vertybėmis grindžiamą bendravimą, ugdyti dvasingą, šiuolaikišką, pilietišką asmenybę stiprinant gamtos ir tiksliųjų mokslų inovatyvų mokymą.
Darniai funkcionuojanti veiklaus tikėjimo bendruomenė, kurioje bendražmogiškas, kultūrinis ir krikščioniškasis ugdymas papildo vienas kitą. Savo veiklą gimnazija organizuoja remdamasi katalikiškomis nuostatomis ir vertybėmis. Skelbdama Evangeliją ir skatindama socialinį teisingumą bei lygias galimybes, gimnazija seka Visuotinės Bažnyčios misija, pasižymi kūrybinga ateitininkų veikla, etnokultūrinio bei kraštotyrinio darbo tradicijomis, tautiškumo ir patriotiškumo ugdymu, įvairiais religiniais ir sielovadiniais renginiais. Bendruomenės nariai prisiima atsakomybę už tikslų įgyvendinimą bei katalikiškos gimnazijos įvaizdį. Jos veikloje atsispindi vertybiniai principai: teisingumas, lygybė, atjauta, gailestis, rūpestis žmogumi.