Gimnazijoje ugdymo procesas organizuojamas taip, kad visapusiškai atsiskleistų mokinių gebėjimai, todėl daug dėmesio skiriama neformaliojo švietimo veiklai. Mokiniams kiekvienais mokslo metais sudaromos galimybės pasirinkti kuo įvairesnes neformaliojo švietimo programas.
Mūsų gimnazijoje yra galimybės visiems norintiems aktyviai dalyvauti neformaliojo švietimo veikloje, o mokiniams suteikiama įvairių galimybių turiningai leisti laisvalaikį, ugdyti savo kūrybinius sugebėjimus, piešti, šokti, dainuoti, sportuoti. Mokiniai kviečiami lankyti įvairius mokslo, meno, techninius, sporto, turizmo, gamtinio ugdymo būrelius, dalyvauti projektinėje veikloje. Didelis dėmesys skiriamas sielovados veiklai. Mokiniai kviečiami lankyti sielovados Šlovinimo grupę , sielovados savanorių, dainos ir poezijos studiją ar gitaros klubą. Pagrindinė šių veiklų siekiamybė – dvasiškai brandi, intelektuali, mąstanti, kūrybinga, krikščioniškomis vertybėmis besivadovaujanti asmenybė.
Klubo ansamblis labai įvairus, čia mes ne tik dainuojame, šokame, bet ir grojame netradiciniais savos gamybos muzikos instrumentais: turime armonikų, smuikų, ragų, birbynių, skudučių, dambrelių, kanklių, lumzdelių, basedlę, manikarką, didžiaridu. Klubo nariai Kauno Jono Pauliaus II-ojo gimnazijos mokiniai, yra ir tokių, kurie baigę mokyklą ir toliau aktyviai dalyvauja „Gilės“ veikloje, kai kuriems „Gilė“ jau tapo gyvenimo būdu. Šiuo metu klubą sudaro apie 70 narių. Visi jie vienaip ar kitaip svarbūs, vieni groja, kiti šoka, dainuoja, treti tiesiog keliauja.
„Gilė“ įrašė septynias kompaktines plokšteles. Klubo veiklą įvertino Lietuvos Liaudies kultūros centras, skirdamas 2003 m. Aukso Paukštę „Gilei“.